서울대 교수협의회가 이 학교의 2008 학년도 입시안에 대해 정부·여당이 수정을 요구한 것과 관련해 “지금처럼 대학의 자율성이 침해된 것은 군사정권 이래 처음”이라고 강하게 성토했다. 이에 대해 시민단체와 교수노조는 ‘서울대 이기주의’라고 반박했다. 이에 따라 정운찬 서울대 총장이 7일 기자회견에서 “입시안을 교육인적자원부와 협의해 정부 방침에 어긋나지 않겠다”고 밝히고 교육부가 본고사 가이드라인 제시 방침을 내놓으면서 가닥을 잡아가던 논란이 다시 가열하고 있다.

서울대 교수협의회(회장 장호완)는 8일 오전 ‘서울대 입시안을 두고 벌어진 사회적 논란에 대한 우리의 견해’라는 성명에서, “우리가 놀란 것은 큰 방향만을 확정하고 연구검토 중인 입시안을 두고 마치 본고사가 확정된 것으로 전제하고 ‘전면전을 벌이겠다’ ‘초동진압하겠다’ 는 등의 정치권 대응방식”이라며 “정치인들이 최소한의 품격도 갖추지 못하고 있다”고 비난했다.

장호완 교수협의회장(지구환경과학)은 “지금처럼 대학의 자율성이 침해된 것은 군사정권 이래 처음”이라며 “정부가 대학 자율에 대한 개념을 인식하기를 바란다”고 말했다. 성명은 “일개 대학교의 입시안을 두고 정책 당국과 정치권 모두 나서는 상황은 교육정책의 실패와 학교교육 붕괴의 책임을 호도하려는 의도”라고 주장했다.

이들은 “통합교과형 논술고사는 암기식 교육을 지양하고 사고력·창의력 교육을 진작시키기 위해 연구개발 중인 하나의 방안에 불과하다”며 “고교 공교육을 망친다든지, 사교육을 부추긴다는 판단은 전혀 근거가 없다”고 강조했다. 장 회장은 서울대 입시안 발표 이후 서울 강남지역에 불고 있는 사교육 열풍과 관련해 “통합형 논술의 취지와 내용을 몰라서 그런 것”이라며 “사설학원을 통해서 점수를 올릴 수 없고, 시간이 지나면 학원들이 문을 닫고 출판사들이 득을 보게 될 것”이라고 주장했다.

이에 대해 전국교수노조는 이날 ‘앞뒤가 안 맞는 교육정책과 국민을 배신한 국립 서울대학교’라는 제목의 논평을 통해 ‘서울대 이기주의’를 비판했다. 교수노조는 이번 논란이 “반개혁적 교육정책을 양산하는 교육 당국과 이를 이용해서 자교 이익 우선주의를 관철하고자 하는 서울대학교 사이의 진흙탕 싸움”이라며 “성적이 우수한 학생만을 골라 전국 1위의 명성을 유지하는 것이 국립대학의 역할이 아니다”라고 비난했다.

전국교직원노동조합도 이날 오후 6시 서울 세종로 정부중앙청사 후문 앞에서 200여명의 교사들이 참석한 가운데, ‘본고사 부활 음모 저지, 서울대 입시안 철회 수도권 교사 결의대회’를 열어 서울대의 2008 학년도 입학전형 기본계획의 폐기를 요구했다.